新安装运行前的中央空调清洗：大型中央空调系统安装完成后，根据设计和工艺的要求，中央空调系统内所有部位清洁无污是确保今后正常运行的关键。新安装的中央空调装置在投入运行前必须进行水侧全系统的中央空调化学清洗工作，以清除空调系统在制造、运输、存放、安装过程中所造成的轧制鳞片、铁锈、红丹底漆、焊渣、油污、泥砂、灰尘及其它沉淀物。并在此基础上，形成管道系统内金属表面完整的钝化膜，减少中央空调系统运行后各种原因造成的腐蚀。
中央空调停车前的微生物粘泥剥离清洗：当中央空调循环水系统长期运转后，生物粘泥严重，在决定停车前，要对中央空调整个系统进行一次杀菌粘泥剥离清洗。然后打开冷凝器，根据中央空调清洗的效果再决定冷凝器、蒸发器清洗方案。
中央空调设备各部分垢型及其中央空调清洗方法：为了达到节水、节能、提高中央空调空调设备的制冷效果，要对中央空调设备冷却水系统、冷冻水系统、风机盘管翅片表面三部分进行全面的清洗。由于各部分所处的环境和条件极不相同，其污垢的类型和锈蚀的程度也有很大的不同。对于冷却水系统来说，突出的是结垢问题，结垢是在冷凝器换热表面上附着的一层不溶性盐类（碳酸盐硬垢）或氧化物晶体的生长物。它的产生，多半是由于循环冷却水浓缩倍数的提高和冷凝器热交换水温上升使盐类在水中的溶解度受到影响所致。中央空调冷冻水是处在封闭系统中循环，水分不蒸发、不浓缩，不存在难溶盐的过饱和问题，冷冻水系统主要产生油泥垢、锈垢，它是由腐蚀产生的含水氧化物以及外来物质主要为粘泥、设备引入油泥等聚集而成的疏松、多孔或胶凝状物构成的，常可看到大量的微生物源。因此中央空调冷冻水系统化学清洗操作主要是去除设备和管道水侧表面上的油污、浮锈。清洗冷却水系统、冷冻水系统可以起到大幅降低电能消耗的作用。

严重影响设备致冷效果的还有中央空调风机盘管翅片表面的污垢。中央空调风机盘管表面的铝质翅片处在空气中，铝材在空气中是相当稳定的，不必考虑锈蚀问题。在中央空调运行情况下，翅片表面含有很多冷凝露水，会有微生物繁殖，翅片之间主要被大量的灰尘、烟灰和各类纤维状物质堵塞。实践证明中央空调风机盘管翅片经过清洗后制冷效果能恢复至原设计指标。